Magical Gene: Part 1 er en fantastisk visuel roman med tegneseriegrafik, hvor du vil spille som en ung dreng, der blev kidnappet af en ond elskerinde, fordi hun vidste, at han havde særlige evner. Så snart han bliver 18, frigives han tilbage til verden, hvor han kan skabe kaos med sin magiske pik. Men du bliver også nødt til at løse mysteriet i dit eget liv i mellemtiden. Der vil være flere tegn, du bliver nødt til at kneppe for at få nogle svar, herunder en politi dame i uniform, en striping bimbo og en cool busty brunette med fantastiske GF vibes.